无尘室在设计的时候除了要针对火灾去做完善的设备和建造准备之外，也要注意排水系统的设置。无尘室内的排水系统目的主要是为了防止管道内的杂物残留造成细菌和微生物的滋生，所以排水系统的设置必定是很重要的。
    无尘室内的排水管道在原则上是要保持严格的密封性，而在布置方式上则应多选择各类的墙面夹层。给水和引水的管道应以暗铺的形式通过无尘室的墙壁附件接进。
    虽然由于密封性的要求，排水管道不会出现大的泄漏问题。但对于排除废水的性质和浓度，还有排水量和水温等方面的考量，应以各种不同的情况对各种不同的管道进行不同路线的铺设，且主要的排水管道不应通过对于洁净度要求较高的无尘室。